El clima de Neuquén es continental y árido. Las precipitaciones son muy escasas y sin estacionalidad. Las temperaturas se caracterizan por una importante oscilación tanto diaria como anual, con veranos cálidos, con una media de 24 °C en enero e inviernos fríos, promediando 6 °C en julio, con heladas nocturnas.
A pesar de encontrarse en una latitud bastante elevada su escasa humedad (promedio anual del 52%) evita la aparición de nevadas, produciéndose estas aproximadamente cada 5 años.
Esporádicamente las abundantes lluvias en las zonas cordilleranas así como los deshielos pronunciados provocan el excesivo aumento de los caudales de los ríos, sobrepasando las capacidades de las represas, que dejan fluir más agua de lo normal generando algunos desbordes e inundaciones en la ciudad.
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